せまりくるガンダザラム流星公国の地球壊滅計画司令官グドルフの放つ惑星獣の魔の手から、幾度となく地球の危機を救い続けてきた我らがメガントロボ。しかし、ガンダザラムを裏であやつるゲハイム・シュバトラ銀河帝国がついにその姿を表した！

メガントロボの活躍により撃退されたグドルフは故郷の土を踏む事無く処刑され、新たに太陽系消滅作戦将軍カイザル＝ドゥームが立ちはだかる！

カイザル率いる恒星獣軍団の圧倒的な力に、メガントロボは成すすべも無く敗北を喫する。もはや地球は悪の手に渡ってしまうのか・・・しかしその時、光と共に恒星獣が轟音をあげて粉砕された！

「よう、ハヤト・・・待たせたな・・・」「に・・・兄さん！」

そう！ついにアイツが帰って来た！今ここに、あの五つの力が一つになる。地球の平和とボクらの未来を守るため。
チェィンジ！メガンダー・オォォォォォン!!!!!!!!!!!!!!!!